Cũng như tài sản vật chất, một trong những quyền quan trọng của chủ sở hữu tài sản trí tuệ đó là quyền ngăn cấm người khác sử dụng đối tượng SHTT. Để thực hiện quyền này, doanh nghiệp có thể thông báo cho người có hành vi xâm phạm chấm dứt hành vi xâm phạm và bồi thường thiệt hại hoặc yêu cầu cơ quan có thẩm quyền hay tòa án xử lý hành vi xâm phạm (theo Luật Sở hữu trí tuệ sửa đổi 2009). Trong thực tế, nếu là hành vi xâm phạm do vô ý thì thường người xâm phạm sẽ tự giác dừng việc sử dụng bất hợp pháp đó, còn nếu là cố ý thì việc thông báo trước là vô nghĩa. Vì vậy, doanh nghiệp phải chủ động yêu cầu các cơ quan chức năng xử lý chứ không chờ đến hoạt động thanh tra, kiểm tra của các cơ quan này. Thời gian vừa qua, nhiều vụ xâm phạm quyền SHTT việc xử lý bị kéo dài là do thiếu các căn cứ pháp lý và chứng cứ không đầy đủ, rõ ràng. Vậy thì, để việc bảo vệ quyền SHTT có hiệu quả, khi gửi đơn yêu cầu cơ quan chức năng xử lý hay tòa án giải quyết, doanh nghiệp cần nắm vững và tuân thủ các quy định của pháp luật về quyền và nghĩa vụ doanh nghiệp trong việc đề nghị xử lý hay khởi kiện xâm phạm quyền SHTT.

Trước hết, khi gửi đơn, doanh nghiệp phải gửi kèm theo các tài liệu chứng minh mình là chủ thể quyền SHTT. Tức là, doanh nghiệp có quyền yêu cầu xử lý hoặc khởi kiện, khi ấy cơ quan chức năng hay tòa án mới thụ lý hồ sơ. Cụ thể là, nếu là sáng chế, nhãn hiệu, kiểu dáng công nghiệp, chỉ dẫn địa lý thì các tài liệu chứng minh chủ thể quyền bao gồm bản gốc văn bằng bảo hộ đang có hiệu lực (nếu là bản sao thì phải có công chứng, chứng thực) hoặc bản trích lục sổ đăng ký quốc gia các đối tượng trên (được lưu giữ tại Cục SHTT).

Nếu nhãn hiệu đăng ký quốc tế thì tài liệu chứng minh chủ thể quyền là bản gốc Giấy chứng nhận đăng ký nhãn hiệu tại Việt Nam hoặc các bản sao công báo của WIPO, Giấy chứng nhận đăng ký quốc tế, Công báo SHCN của Việt Nam. Trường hợp doanh nghiệp có được các đối tượng trên thông qua chuyển nhượng (mua, bán) quyền sở hữu, thì phải có hợp đồng chuyển nhượng được đăng ký tại Cục SHTT. Vì các đối tượng trên đây quyền chỉ phát sinh khi được cấp văn bằng bảo hộ. Do vậy, nếu không có các tài liệu trên đây để chứng minh doanh nghiệp là chủ thể quyền thì việc nộp đơn yêu cầu xử lý xâm phạm trở nên vô nghĩa.

Riêng với đối tượng là tên thương mại và bí mật kinh doanh, căn cứ xác lập quyền không phải là các văn bằng bảo hộ, nên tài liệu chứng minh chủ thể quyền là do doanh nghiệp tự lập nên. Tức là, doanh nghiệp phải lập hồ sơ mô tả nội dung (cấu trúc) của tên thương mại, hình thức sử dụng và quá trình sử dụng tên thương mại đó. Trong phần mô tả nội dung của tên thương mại, phải chỉ ra được yếu tố phân biệt giữa doanh nghiệp với doanh nghiệp khác trong cùng lĩnh vực kinh doanh, bên cạnh các yếu tố mô tả loại hình pháp lý hay lĩnh vực kinh doanh. Ví dụ như, trong cùng lĩnh vực kinh doanh bia, thì yếu tố phân biệt là Hà Nội và Sài Gòn. Đồng thời, doanh nghiệp cũng phải làm rõ quá trình đưa tên thương mại vào thực tế kinh doanh thông qua các hình thức như gắn tên thương mại lên bao bì sản phẩm, lên biển hiệu, phương tiện kinh doanh, giấy tờ giao dịch… Tương tự như vậy, đối với bí mật kinh doanh, doanh nghiệpphải chứng minh các thông tin liên quan đến bí quyết kỹ thuật (các know-how) hay bí mật về thương mại (phương án sản xuất, kinh doanh, danh sách khách hàng…) là do doanh nghiệp tạo dựng lên bằng công sức và chi phí của mình đang mang lại lợi ích kinh tế không nhỏ và hiện đang được doanh nghiệp bảo mật bằng những biện pháp cần thiết.

Tiếp theo, bên cạnh các tài liệu chứng minh là chủ thể quyền, doanh nghiệp phải có các chứng cứ chứng minh hành vi xâm phạm quyền gửi kèm theo đơn đề nghị xử lý xâm phạm quyền SHTT. Các cơ quan có thẩm quyền hay tòa án không có trách nhiệm phải tìm các chứng cứ, mà đó là nghĩa vụ của doanh nghiệp. Các chứng cứ chứng minh xâm phạm quyền SHTT thường là các vật mẫu, hiện vật có liên quan, ảnh chụp, bản ghi hình sản phẩm bị nghi ngờ xâm phạm; Bản giải trình hay so sánh giữa đối tượng bị nghi ngờ và đối tượng được bảo hộ; Biên bản, lời khai hay tài liệu khác nhằm chứng minh cho hành vi xâm phạm… Các tài liệu, hiện vật trên đây phải lập thành danh mục và bảo đảm tính pháp lý, trung thực của từng tài liệu, chứng cứ, để tránh trường hợp lợi dụng quyền yêu cầu xử lý xâm phạm nhằm mục đích không lành mạnh, gây thiệt hại cho tổ chức, doanh nghiệp khác.